Recentemente a produção aqüícola brasileira tem apresentado um grande progresso. Dentre as espécies nativas cultivadas no Brasil, a piapara (Leporinus elongatus), tem sido amplamente preconizada. Com objetivo de avaliar os programas de repovoamento, foram analisadas a variabilidade e a divergência genética de três estoques de piapara com a técnica de RAPD. O primeiro estoque pertence à Estação de Aqüicultura e Hidrologia da Duke Energy International (A); o segundo à piscicultura de Rolândia (B) e o terceiro ao Programa de Repovoamento dos Rios do Paraná (C). Os dez primers para RAPD utilizados produziram 105 fragmentos polimórficos, conferindo um polimorfismo de 98,1% para os três estoques avaliados. A porcentagem de locos polimórficos e índice de Shannon foi superior para o estoque A. Porém, todos valores foram elevados, indicando uma alta diversidade intrapopulacional. Os valores de Gst, indicam que houve uma baixa diferenciação genética entre os estoques A x B e uma moderada diferenciação entre os demais. O Nm foi maior entre os estoques A x B. A distância genética e o dendrograma indicam que os estoques A x B são menos distantes geneticamente.